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Como muitos heróis do Universo Marvel, Wolverine e Capitão América foram forjados pelos super-heróis, pelo menos em parte, pelos cientistas. Enquanto Steve Rogers recebeu o Soro Super-Soldado durante a Segunda Guerra Mundial no Projeto: Renascimento, o Programa Arma X deu a Logan seu invencível esqueleto de adamantium e uma vida de falsas memórias, para propósitos mais sombrios.
Grant Morrison e Chris Bachalo confirmaram há quase duas décadas, em New X-Men, que o Project: Rebirth e o Weapon X eram partes diferentes do maior programa Weapon Plus. Enquanto o Capitão América era considerado "Arma I", e Logan fazia parte da 10ª encarnação do programa, a misteriosa iniciativa foi responsável por experimentar ou criar vários outros super-soldados, através da Arma XVI.
No entanto, em Wolverine & Captain America: Weapon Plus # 1, esses dois ícones da Marvel descobrem que o programa Weapon Plus ajudou a criar muito mais super-soldados do que qualquer um já havia percebido. Como o ocasional X-Man e o Aluno da Weapon Plus, a Fantomex colocou em uma mensagem gravada, o programa está por trás do que poderia ser a mais longa e bem-sucedida conspiração do Universo Marvel.
Depois de receber uma mensagem do falecido Fantomex, Wolverine procura o Capitão América, mesmo quando ele é perseguido pelas forças da Arma Plus. Embora não esteja claro como a Fantomex morreu (o Professor X foi visto pela última vez morando em seu corpo), o ladrão psíquico estava tentando desvendar todo o escopo do Programa Weapon Plus.
Depois que Logan e Capitão América derrotam as tropas Weapon Plus, que se parecem com clones de Steve Rogers, a Fantomex explica que o programa executou múltiplas operações ao mesmo tempo, frequentemente usando pessoas de testes que haviam sido manipulados como voluntários através da doutrinação. A Fantomex diz que seus esforços ainda estão aumentando até hoje e dizem ao Capitão América que ele é a inspiração por trás do programa.
Enquanto o Capitão América já enfrentou vilões como Nuke e Protocide, que foram distorcidas reflexões do experimento que o fez, esta revelação marca um ponto de virada para a sua compreensão de quanto Weapon Plus fez, e ainda está fazendo, em seu nome.
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Logan e o Capitão América começam a ter uma ideia melhor do escopo do alcance do programa Weapon Plus quando encontram um laboratório abandonado. De acordo com evidências no laboratório, Luke Cage e Man-Thing receberam poderes através dos experimentos estendidos do programa, e o Weapon Plus também conduziu estudos sobre o vilão Typhoid Mary e um experimento liderado por Nick Fury com o simbionte Venom.
Enquanto conduzem sua busca, Cap e Wolverine são atacados por Bear of the Brute Force, uma equipe de soldados de animais cibernéticos desenvolvida como parte do Programa Weapon II. Embora a Brute Force tenha começado como heróis antropomórficos e ambientalistas em sua curta série de 1990, Bear é retratada como uma máquina de matar mortos-vivos.
Após esta luta, os heróis dirigem-se para outro bunker de Armas, onde encontram Adam, um super-soldado desequilibrado vestido como o Capitão América que abateu todos os outros no complexo. Seus mestres de Weapon Plus o matam e explodem o laboratório para proteger os segredos da ainda mais poderosa Arma XXX.
Esta edição também apresenta um dos mentores aparentes do Programa Weapon Plus, Billy Junger. Quando criança, em 1945, Junger era o presidente de seu fã-clube local do Capitão América e foi diretamente inspirado a se juntar ao Weapon Plus pelo exemplo de seu ídolo.
Dentro do programa, Junger experimentou em si mesmo e aparentemente se tornou cada vez mais focado em combater mutantes e comunistas ao longo do século XX. Como o final desta edição revela, os experimentos de Junger foram pelo menos um pouco bem-sucedidos, já que ele mal envelheceu desde os anos 50.
Embora o escopo completo do que a criação do Capitão América inspirou ainda esteja entrando em foco, ele e Wolverine parecem determinados a desvendar os segredos de Weapon Plus e descobrir o que quer que seja o Weapon XXX.
Embora não esteja totalmente claro onde esta história vai continuar após este one-shot, a última página da edição parece indicar que Weapon Plus e suas conexões com Brute Force, Luke Cage, Venom, Man-Thing e Typhoid Mary serão exploradas em o futuro.